По решению Государственного комитета обороны СССР №ГОКО-5859 от 11 мая 1944 года о выселении всех крымских татар с территории Крыма, которое подписал лично Иосиф Сталин, из Крымской АССР в Узбекистан и соседние районы Казахстана и Таджикистана было переселено свыше 180 тысяч крымских татар. Небольшие группы также были отправлены в Марийскую АССР и ряд других регионов РСФСР.

Проект решения ГКО подготовил его член, народный комиссар внутренних дел Лаврентий Берия. Возглавить операцию по депортации было поручено заместителям народных комиссаров госбезопасности и внутренних дел Богдану Кобулову и Ивану Серову.

Официально депортация крымских татар обосновывалась фактами их участия в коллаборационистских формированиях, выступавших на стороне нацистской Германии во время Великой Отечественной войны.

Решение ГКО обвиняло «многих крымских татар» в измене Родине, дезертирстве из частей Красной Армии, оборонявших Крым, переходе на сторону противника, вступлении в сформированные немцами «добровольческие татарские воинские части», участии в немецких карательных отрядах, «зверских расправах по отношению к советским партизанам», помощи немецким оккупантам «в деле организации насильственного угона советских граждан в германское рабство», сотрудничестве с немецкими оккупационными войсками, создании «татарских национальных комитетов», использовании немцами «для целей заброски в тыл Красной Армии шпионов и диверсантов».

Депортации также подверглись и крымские татары, которые эвакуировались из Крыма до занятия его немцами и успели вернуться из эвакуации за апрель-май 1944 года. Они не жили в оккупации и не могли участвовать в коллаборационистских формированиях.

Операция по депортации началась рано утром 18 мая и закончилась в 16:00 20 мая 1944 года. Для её проведения были задействованы войска НКВД в количестве более 32 тысяч человек.

Депортируемым отводилось от нескольких минут до получаса на сборы, после чего их на грузовиках транспортировали к железнодорожным станциям. Оттуда эшелоны под конвоем отправлялись к местам ссылки. По воспоминаниям очевидцев, тех, кто сопротивлялся или не мог идти, иногда расстреливали на месте.

Этапирование к местам поселения длилось около месяца и сопровождалось массовой гибелью депортируемых. Умерших наспех хоронили рядом с железнодорожным полотном или не хоронили вообще.

По официальным данным в пути погибли 191 человек. Еще от 25% до 46,2% крымских татар погибли в 1944-1945 годах от голода и болезней из-за отсутствия нормальных условий проживания .

В Узбекской ССР только за 6 месяцев 1944 года, то есть с момента прибытия и до конца года, умерло 16 052 крымских татар (10,6 %).

В 1945-1946 годах в места депортации были сосланы еще 8 995 крымских татар – ветеранов войны.

В 1944—1948 годах тысячи населённых пунктов (за исключением Бахчисарая, Джанкоя, Ишуни, Сак и Судака), гор и рек полуострова, названия которых имели крымскотатарское происхождение, были заменены на русские.

В течение 12 лет, до 1956 года, крымские татары имели статус спецпереселенцев, подразумевавший различные ограничения в правах. Все спецпереселенцы были поставлены на учёт и были обязаны регистрироваться в комендатурах.

Формально за спецпереселенцами сохранялись гражданские права: они имели право участвовать в выборах.

В отличие от многих других депортированных народов СССР, которые вернулись на родину в конце 1950-х годов, крымские татары были лишены этого права формально до 1974 года, фактически же — до 1989 года. 

В ноябре 1989 года Верховным Советом СССР депортация крымских татар была осуждена и признана незаконной и преступной.

Массовое возвращение народа в Крым началось лишь в конце горбачёвской «перестройки».